提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“五个一百”绘大美中国精彩画卷******
中青漫评丨“五个一百”绘大美中国精彩画卷
以“团结奋进新征程 同心奋斗创伟业”为主题的2022中国正能量“五个一百”网络精品征集评选展播活动进入报送阶段,“五个一百”以正能量引领亿万流量,用主旋律奏响奋进乐章,绘就大美中国的精彩画卷。
“五个一百”勾勒中国繁荣昌盛图景。今日之中国,山河壮丽。北京冬奥会、冬残奥会成功举办,神舟十三号、十四号、十五号接力腾飞,第三艘航母“福建舰”下水,首架国产C919大飞机正式交付,白鹤滩水电站全面投产……一幅幅时代巨变的壮美画卷上,写满了波澜壮阔,闪耀着璀璨荣光。“五个一百”,观察国家发展的脉络,描绘出中华大地奔腾不息的改革实践,展现社会革故鼎新的精神风貌,用情用力讲述了壮丽的时代、火热的生活、奋斗的场景,笔锋所致皆是美好风景,镜头所及都是美美的中国。
“五个一百”传播中国昂扬奋进声音。今日之中国,人民伟大。面对风高浪急的国际环境和艰巨繁重的国内改革发展稳定任务,14亿多中国人民团结一心、守望相助。粮食产量喜获“十九连丰”、国内生产总值超过120万亿元;面对疫情防控、山火救援、抗震减灾等众多挑战,全体人民众志成城、攻坚克难,时刻彼此扶持,或咫尺邻里、或隔着屏幕,一抹抹的温暖直抵人心……中国取得的系列成就、累累硕果,“人民”二字总是贯穿其中、延伸脉络。“五个一百”抒写了伟大人民之奋进赞歌,把英雄人民的故事传唱到祖国每个角落,把人民英雄的气概讴歌进每个人心间,让更多人在相信中国、热爱中国、赞美中国的激荡共鸣中凝聚共识,鼓舞广大人民为祖国发展进步而不懈奋斗。
“五个一百”厚植青年浓厚家国情怀。今日之中国,青春澎湃。一个国家的进步,刻印着青年的足迹;一个民族的未来,寄望于青春的力量。疫情防控、乡村振兴、航天工程,一个个日新月异的变化,让青春充满自信与自豪;穿行在大街小巷的外卖小哥,奔忙在北京冬奥会赛场和疫情防控中的志愿者,每一抹动人的平凡之光,让青春充满向上向善的力量……指尖跃动间、镜头挥舞处,涌动的是满满正能量,生动展现了新时代90后、00后的责任担当。“五个一百”不断涌现青年“微光”,让更多的人感受青年的家国情怀,也推动更多的青年人在民族复兴征程中擦亮青春底色。
与祖国同行,为时代放歌。总有一种力量让我们勇往向前,总有一种精神时刻照亮前方。“五个一百”让正能量澎湃大流量,展现大美中国的崭新气象、勾画人民英雄的感人至深、激昂时代青年的朝气蓬勃,让我们踏着“五个一百”的奋进鼓点,努力以“大美中国”的强劲“音符”,奏响“同心奋斗”的精彩乐章。(文/马铭泽 图/李恒毅)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |